La misión fundamental del DPA es ejercer la tutela, el gobierno, la administración y el poder de policía sobre el agua pública, integrada por los ríos, lagos, arroyos, mar adyacente y demás aguas y sus cauces, incluidos en el dominio público provincial.

Entre las tareas más relevantes se encuentran las de planificación hídrica y el aprovechamiento de los recursos mediante la ejecución de obras para riego, saneamiento, sistematización de cuencas, protección de márgenes y control aluvional. La actuación como ente regulador de las concesiones de explotación de los sistemas de riego y de saneamiento, el otorgamiento y control de las concesiones, autorizaciones y permisos de uso de agua pública, y la puesta en marcha de acciones de prevención y control de la contaminación hídrica.

El Departamento Provincial de Aguas también participa en los Entes Interjuridiccionales organizados para el manejo de cuencas compartidas, releva y sistematiza la información hidrológica y climática de toda la provincia y desarrolla distintas actividades de apoyo a consorcios de regantes, municipios, juntas vecinales, cooperativas y a la comunidad en general, en todo lo relacionado al aprovechamiento de los recursos, prevención del riesgo e intervención en situaciones de emergencia hídrica.