El gobierno y la administración del DPA están a cargo de la Superintendente General designado por el Poder Ejecutivo con acuerdo de la Legislatura. Actualmente, el Ing. Fernando Curetti es la máxima autoridad sobre la siguiente estructura organizativa:

La Intendencia General está dirigida por el Dr. Nicolas Fantón.

La Intendencia General de Hidráulica y Saneamiento, se encuentra dirigida por el Ing. Carlos Enrique Selzer, encargada de elaborar los estudios y proyectos de riego y saneamiento y la ejecución de obras por contrato o administración.

La Intendencia General de Riego está a cargo del Ing,Lorenzo Mora que tiene bajo su dependencia todo lo concerniente al servicio de riego y la regulación de las entidades organizadas bajo la figura de Consorcios de Riego.

La Intendencia General de Recursos Hídricos lleva adelante el Ing. Daniel Alberto Petri, con competencia en las relaciones interprovinciales de la administración hídrica, en la implementación del Régimen de Protección y Conservación de los Recursos Hídricos y en la planificación y evaluación de los Recursos Hídricos.